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経過措置型医療法人から新法の医療法人に移行した方がいい法人も多数あると思います。 それは医療法人の出資持分の評価が高くなっていて事業承継する場合に多額の相続税がかかるような法人の場合です。こういう法人が出資持分のない医療法人に移行すれば相続税は０円になりますので、決定的な相続税対策になります。
ここで問題になるのが、移行した場合の課税関係です。移行した場合医療法人は、出資者に出資持分を返還しなくてよくなるので、その分医療法人に利益が発生し次の基準を満たさないと贈与税が課税されることになります。
運営組織が適正であり、役員等に占める親族等の割合が３分の１以下であることを定款で定めているなど一定の要件を満たす場合でかつ下記の条件を満たす場合

従来からの特定医療法人の基準	改正後の取扱いで異なる点
改正後の取扱いで異なる点	社会医療保険診療等に介護保険及び助産に係る収入金額を追加
役職員に対する報酬が３,６００万円以下	役員及び評議員に対する報酬等の支給基準を明示
病院は４０床以上または救急告示病院，診療所は１５床以上または救急告示診療所	病院または診療所の名称が４疾病５事業に係る医療連携体制を担うものとして医療計画に記載

がん、糖尿病、高血圧、高脂血糖といった4疾病や、救急医療、僻地医療等の5事業のいずれか１つ を専門に行い，それが，地域の医療を担うものとして都道府県の医療計画に記載されれば社会医療 法人並みの要件による新基準のほうで判定をクリアできることになるということですが、通常の診 療所ではまず不可能です。
つまり現時点では実質的に移行すると課税されてしまうので、移行は難しいということです。