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医療法人の含み益が多額で、事業承継するときに莫大な相続税がかかるような医療法人は相続税 対策の点から、新法の医療法人に移行した方がいいと思います。ただし、現段階では移行時に多 額の贈与税が課税されてしまいますので、移行は難しいと思います。
旧法の医療法人が新法の医療法人に移行することは、医療法の観点から見て望ましいことであり、 厚生労働省も推進しています。ただ、国税との調整がつかず、国税の方は課税する姿勢をくずして いません。今後の厚生労働省と国税の話し合いによっては非課税となるときがくるかもしれません ので、そのときを待つしかないと思います。