Ａ

車通勤についてですが、まず診療所が、従業員が車で通勤することに対して許可しているかどうかが問題になります。
許可していないのに車で通勤している場合には、従業員に対して公共交通機関の交通費を支払い、そのかわり、通勤途上の事故等についても一切責任をもたないということになります。
診療所が車通勤を許可している場合には、国税庁で決めている車通勤の場合の非課税限度額計算の表に基づいて交通費を支給すればいいと思います。

片道の通勤距離	非課税限度額
2ｋｍ未満	0円
2ｋｍ以上　 10ｋｍ未満	4,100円
10ｋｍ以上　15ｋｍ未満	6,500円
15ｋｍ以上　25ｋｍ未満	11,300円
25ｋｍ以上　35ｋｍ未満	16,100円
35ｋｍ以上　45ｋｍ未満	20,900円
45ｋｍ以上	24,500円

※平成24年1月1日以降に支給される給与から適用となります。